vendredi 31 juillet 2020

Petit point données faune

Voilà bientôt un an que je transmets mes données via l'application Naturalist. Cela permet de contribuer à la connaissance des espèces, mais cela permet aussi au contributeur de se former à leur reconnaissance. Non pas qu'on puisse y rentrer à peu près n'importe quoi et avoir des retours, ce n'est pas le travail des équipes de validation, et c'est au contributeur de s'assurer en premier lieu que ses données sont exactes ; et, justement, cela oblige à être méticuleux. Parfois, c'est bien difficile, et même après consultations d'avis ici ou là, il reste des incertitudes.


Au bout d'un an, ou presque, et avec quelques données éparses ces dernières années, j'en suis à près de 44 000 données transmises, concernant 340 espèces. Quel nombre impressionnant!... d'espèces que :
1/ j'ai croisées
2/ je sais identifier de vue ou à leurs cris/chants

Bon, en comparant ce chiffre avec le nombre d'espèces animales qu'on peut rencontrer en France, on relativise un peu, voire on apprend si besoin était l'humilité : environ 120 000 espèces. J'en suis à 0,28% des espèces animales du pays.



Petit tour d'horizon :


Mammifères



Rapaces


Nocturnes



Oiseaux d'eau



Quelques passereaux (je crois que j'en ai oublié dans la sélection)



Reptiles et amphibiens



Papillons



Odonates



Autres arthropodes









vendredi 19 juin 2020

Eléments sur la mortalité contre les fables

Petit point sur la mortalité, pour remettre quelques fables pour enfants, largement répandues, à leur place :
  • il s'agissait d'une pandémie digne d'être comparée à la grippe dite espagnole de 1918-1919
  • notre pays a fait tout ce qu'il fallait pour y répondre
  • le confinement a sauvé des millions de personnes

Bien. 

Voici le nombre de morts dans le monde : ici. La prudence doit être totale par rapport aux chiffres attribués au Covid-19, tant sur le nombre de cas (question de la fiabilité des tests, et disparité des politiques de tests selon les pays ou au cours de l'épidémie) que sur le nombre de morts (morts attribués au Covid-19 alors que ce n'est pas forcément le cas, et inversement, morts à domicile passés inaperçus). Par ailleurs, le nombre de facteurs influant est tellement important qu'il est difficile d'en tirer une analyse cohérente.


Tout de même : les 10 pays qui comptent le plus de morts par million d'habitants sont tous des pays "occidentaux" : Europe et Etats-Unis. Il faudra du temps pour faire la part des choses (pyramide des âges, densités de population, modes de vie, stratégies politiques et sanitaires, etc.), mais il est pour le moins incongru de se féliciter d'être les moins performants au monde.

Au classement de la létalité (nombre de morts sur nombre de cas), il semble que la France puisse carrément crier "Cocorico!" même si le Yémen la concurrence. Mais ceci est trop dépendant de la politique de tests pour être vraiment pertinent : si on ne teste personne, on arrive à 100% de morts évidemment. C'est toutefois un bon indicateur de la faiblesse de la réaction politique. 


Pour la France : sont annoncés à ce jour 29 410 morts dont 19 126 en hôpital. Il est intéressant de comparer avec l'Allemagne qui affiche 8 008 morts, tout en ayant des facteurs démographiques a priori plus propices à une forte mortalité (plus grande part de +65 ans, plus forte densité). La France compte donc 4,3 fois plus de morts que l'Allemagne, et si le pays avait été aussi performant que l'Allemagne, ce sont 22 577 morts qui auraient été évitées. Si on est plus sévère et qu'on compare avec la Corée du Sud, pourtant frappée avant nous, et ses 277 morts : la France compte 83,4 fois plus de morts, et avec un niveau de performance équivalent à la Corée du Sud, ce sont 29 058 morts qui auraient été évitées en France. Vous remarquerez qu'aucun Décodeur du Monde n'est arrivé pour questionner la "fake news" présidentielle sur la bonne gestion de la crise. Mais tout va bien, puisque la seule arme gouvernementale dans cette crise, à savoir le paracétamol, va voir sa production relocalisée (elle, mais pas les autres), ce qui nous permettra d'être aussi performants la prochaine fois.


Pour autant, malgré une stratégie déplorable dont les causes sont pour certaines anciennes (destruction de toute capacité industrielle, destruction de l'hôpital public, ...), et pour d'autres plus actuelles (composition du conseil scientifique, choix d'une stratégie de grands essais pour valider un médicament fantôme au détriment du soin, confinement aveugle inefficace, ...), y a-t-il eu en France une surmortalité qui justifie (au moins a posteriori) à la fois la campagne de peur médiatique et les mesures inédites adoptées sans preuves et assurément destructrices ? 

D'après les chiffres publiées par l'INSEE, nous avons du 1er janvier au 31 mai 289 911 morts en France. Là, il faut faire un petit travail par rapport aux mortalités des années précédentes pour comparer ce chiffre à celui d'une mortalité attendue (en fonction de l'augmentation de la population, et en fonction de l'augmentation de la mortalité quasiment 3 fois plus rapide que la première). Cela donne comme résultat une surmortalité pour cette période de 7,67%, soit 20 660 morts en plus qu'attendues. Ce qui signifie que si nous avions su réagir au niveau de l'Allemagne, il n'y aurait aucune surmortalité en France par rapport à ce qui était attendu sur la période janvier-mai 2020. Rappelons qu'au niveau mondial, nous en sommes à 433 000 morts, ce qui est beaucoup, mais reste dans les estimations de l'OMS concernant le nombre annuel de victimes de la grippe saisonnière (très faible cette année, qui peut aller jusqu'à 650 000 morts). Nous sommes loin des modèles apocalyptiques qui prédisaient des millions de morts et qui ont servi de justification à des politiques inédites et basées sur aucune preuve scientifique d'efficacité. Des modèles qui se justifient eux-mêmes dans des articles plus proches de la magie que de la science, mais qui sont pourtant publiés dans la revue Nature. On ne trouve pas de "zététiciens" ni de champions de l'esprit critique pour analyser ce genre de supercherie affublée d'un prestigieux label "scientifique". 


Dernier point sur l'efficacité du confinement justement : 
  • il est intervenu alors que le pic de mortalité était déjà virtuellement dépassé au 11 avril (entre l'infection et l'arrivée à l'hôpital, il y a environ 6-14 jours, et encore 18-19 jours en moyenne avant la mort, et souvent plus longtemps comme l'indique la courbe de mortalité à décroissance lente)
  • contrairement à un confinement dont on pourrait supposer une utilité (à la Chinoise : transports en commun fermés, on livre les repas, on teste les gens tous les jours, masques pour tout le monde dehors), il a surtout consisté ici à empêcher d'aller en forêt ou sur une plage déserte (risque de contamination = 0) tout en laissant les lieux type métro où le risque est le plus fort ouverts (sans masque et sans test donc avec des gens contagieux qui l'ignorent). S'il a pu réduire le nombre de contacts, il n'est pas du tout certain qu'il l'ait réduit d'un facteur plus important qu'il n'a augmenté la probabilité de transmission entre personnes confinées (chez elles, dans le métro, etc).
  • dans plusieurs pays, les travailleurs essentiels donc non confinés ont été moins infectés que les travailleurs "non essentiels" donc confinés
  • de 40 à 70 % de la population aurait été immunisée avant même le début de l'épidémie (immunité croisée, notamment pour les plus jeunes exposés à d'autres coronavirus) et aurait donc été confinée pour rien
  • il est strictement impossible de placer sur n'importe quelle courbe épidémique de n'importe quel pays une date où on trouve un impact du confinement : il n'y a aucun infléchissement de courbe, ni au moment du confinement, ni au moment du déconfinement. Il n'y a que des courbes classiques, plus ou moins étalées, que les pays aient confiné un peu, beaucoup, pas du tout, à la folie, tôt ou tard. 
  • il faut donc autre chose pour en mesurer l'impact que des incantations magiques du style : "nous avions prévu des millions de morts, elles n'ont pas eu lieu, c'est grâce au confinement". C'est plus probablement parce que vos prédictions étaient fausses. Rien n'ayant jamais été apporté comme preuve d'efficacité d'un confinement aveugle, c'est aux confineurs de prouver ce qu'ils avancent et pour le moment, nous ne voyons rien venir.

jeudi 18 juin 2020

Sortir par le haut de l'Affaire Chloroquine?

La désormais célèbre "Affaire Chloroquine" laissera des traces, et ne sera probablement jamais refermée. Comment en sortir par le haut?


La naissance de l'Affaire Chloroquine et la constitution d'une cabale contre une prétendue "secte anti-science"

- Didier Raoult annonce que les Chinois recommandent la chloroquine contre Covid-19. Comme la recommandation vient de Chine, et est transmise via youtube (et non pas via un journal) par un gugusse aux cheveux longs, "Les Décodeurs du Monde" enfourchent sans hésiter leur plus beau cheval et dénoncent une "fake news", ce qui est repris sur le site du gouvernement pendant presque 2 jours. L'affaire chloroquine était née.

- Didier Raoult, en spécialiste de ce médicament, propose d'utiliser plutôt l'hydroxychloroquine associé à l'azithromycine, et réalise un essai qui montre une disparition de la charge virale en 4 à 6 jours (comparé à ce qui était connu : moyenne 20 jours, maximum 37 jours). L'étude pose un certain nombre de questions, mais on assiste à un déferlement sans commune mesure avec les limites de l'étude, d'arguments souvent faux, d'exagérations absurdes, de critiques hors de propos, d'attaques ad hominem, d'insultes voire de menaces de mort sans aucun rapport avec la controverse scientifique.
  • "Seul un essai randomisé en double aveugle permettra de définir le bénéfice ou non du traitement" - faux
  • "Il ne faut pas donner de faux espoirs aux gens" - comme si l'effet placebo n'existait pas (c'est justement l'un des intérêts des essais en double aveugle), ni l'effet nocebo
  • "l'hydroxychloroquine est dangereuse" - vrai comme tout médicament, mais scandaleusement faux pour un médicament ancien, parfaitement connu et dont les effets secondaires sont maîtrisés
  • "il ne fait que guérir les gens qui allaient de toute façon guérir" - c'est occulter le temps nécessaire pour parvenir au prétendu même résultat (6 jours ou 20 jours, ce n'est pas négligeable : combien de personnes peut-on contaminer en 14 jours? combien de jours d'hospitalisation évités à l'échelle d'un pays dans un contexte de saturation des hôpitaux, saturation elle-même responsable d'une surmortalité?) ; c'est occulter l'alerte déjà donnée par les Chinois : les asymptomatiques ont parfois (on se dirige maintenant vers 2/3 des cas) des lésions pulmonaires sérieuses ; et c'est occulter les risques de se gaver de doliprane pendant x jours et d'arriver trop tard à l'hôpital ensuite
  • Finalement, il est dépeint comme un gourou d'une secte populiste anti-science, et je ne fais hélas qu'employer les termes lus et entendus partout dans les journaux, les médias, les réseaux sociaux (ils sont souvent pires encore)

Le fond des choses : l'alternative stratégique face à la crise épidémique

Bon. Ma position depuis le début est celle-ci : il faut dépister aussi massivement et précocement que possible, isoler les malades et traiter avec le traitement au meilleur niveau de preuve disponible (impossible d'attendre les résultats d'essais cliniques qui arriveraient immanquablement après l'épidémie). Venaient alors appuyer HCQ+AZ comme traitement au meilleur niveau de preuve disponible les éléments suivants :


1/ HCQ et AZ sont deux médicaments dont le repositionnement sur ce type d'infection est documenté de longue date

2/ Les Chinois, premiers confrontés à ce nouveau coronavirus n'ont donc pas été pris d'un délire en testant ce traitement, in vitro, et sur leurs patients, et en rapportant de premiers résultats positifs.

A ce moment-là, que Raoult teste son traitement est donc tout à fait logique. Que les résultats semblent si significatifs qu'il arrête l'essai et propose son traitement l'est également :
Un certain nombre de points relevés ici (du moins ceux qui sont apportés en cohérence avec le problème posé : mettre en avant des effets secondaires pour un traitement sur plusieurs années ou à des doses extrêmement fortes est absolument sans intérêt dans le cas d'un traitement à 10 jours avec le dosage habituel) appellent évidemment à la prudence (sur l'efficacité, encore incertaine, et sur une éventuelle nocivité à scruter avec attention). Néanmoins, nous ne sommes pas face à une "hypothèse qui sort de nulle part", comme le sous-entendent encore aujourd'hui un bon nombre de "zététiciens" dont les compétences en termes d'esprit critique semblent se limiter à Didier Raoult.


Surtout, il est également expliqué dans cet article pourtant loin d'être pro-Raoult que les essais cliniques randomisés et contrôlés sont extrêmement difficiles à réaliser et à mener à leur terme en période épidémique (je ne sais pas s'il existe un exemple de réussite, mais l'article mentionne des échecs). Cela pose donc la question de l'alternative sur laquelle il fallait se prononcer en l'état des connaissances au mois de mars :
  • utiliser le traitement avec le meilleur niveau de preuve (même faible), avec tous les garde-fous nécessaires, ou
  • se contenter de "prenez du doliprane et restez chez vous" et prier pour qu'un miracle se produise et qu'un essai randomisé en double aveugle soit mené à son terme avant que l'épidémie ne soit terminée (et que cet essai indique une solution de traitement meilleure), ou
  • autre solution? jamais aucune n'a été apportée, et personnellement je n'en connais pas
=> pour que la deuxième option réalise sa maigre chance d'aboutir, il faut absolument empêcher les gens d'être traités avant d'être éventuellement inclus dans un essai pour un résultat plus qu'incertain (il est déjà incertain d'avoir un résultat). Avec cette option, il est en revanche certain de ne soigner personne durant l'épidémie. Vous voyez le paradoxe, et on peut plus précisément dire : le problème, le grave problème que pose cette attitude qu'on peut qualifier de scientiste. Ce problème a été caché masqué camouflé par un débat qui a été réduit à : "est-ce que HCQ+AZ est efficace/inefficace/nocif" ; et, comme si cela ne suffisait pas, il a encore été réduit à la personne de Didier Raoult. Or, il ne s'agit pas de Didier Raoult. Les Chinois n'ont pas attendu Didier Raoult pour tester la chloroquine (et autres), pas plus qu'ils n'ont attendu les résultats d'essais randomisés en double aveugle fantasmés avant de tenter de soigner les gens. La seule et unique question citoyenne intéressante était celle de la stratégie à mener résumée par l'alternative proposée ci-dessus. Elle méritait autre chose que s'exciter sur la chloroquine ou sur Didier Raoult.

Les anti- étaient focalisés uniquement là-dessus. Je ne vois pas les anti- se prononcer, au cours de ces mois d'épidémie, sur l'alternative stratégique. J'observe simplement que, souvent, ils sont favorables au confinement, voire auraient voulu qu'il démarre plus tôt, soit plus strict et finisse plus tard. Il n'existe aucune preuve scientifique, je dis bien aucune preuve scientifique, que le confinement puisse sauver des vies. Mais ces virulents opposants à HCQ au motif que les preuves ne sont pas assez fortes, ne voient pas du tout le problème à prôner une mesure inédite dans l'histoire de l'humanité et sans aucune preuve d'efficacité telle que le confinement aveugle de la population (dont on connaît en revanche par avance les effets négatifs, même s'il est difficile d'en mesurer l'ampleur). Allez trouver une cohérence là-dedans.

En revanche, réduire le débat à "HCQ efficace/nocif" ou à "Raoult gentil/méchant", c'était s'assurer d'avoir raison (ce qui n'est pas le signe qu'on est dans une démarche scientifique). Par définition, dans une maladie émergente, il n'y a pas de traitement validé par la communauté scientifique. Par expérience, arriver à une telle preuve demande beaucoup de temps. Et donc, voilà les anti- qui étaient assurés de pouvoir rabâcher tout au long de l'épidémie que HCQ ne marche pas et de sauter comme des cabris en attendant les résultat d'une étude randomisée en double aveugle qui ne pouvait arriver : rien ne pouvait contredire une telle position. A contrario, nous qui prônions l'utilisation de ce traitement pouvions être démentis par les faits : une toxicité qui s'avérait et nous aurions banni ce traitement (au profit du nouveau traitement au meilleur niveau de preuve disponible) ; un niveau de preuve supérieur arrivant ultérieurement nous aurait poussé à basculer vers cet autre traitement. Quand on adopte une position où les faits et l'expérience peuvent venir corriger sa stratégie, on est dans une démarche plus scientifique que quand on affirme quelque chose qui ne peut pas être démenti.


Et du coup, nous avons pu constater, le temps et la science faisant leur œuvre, le caractère dogmatique et fort peu scientifique des anti-. S'attachant à enquêter comme des forcenés sur Didier Raoult (un "escroc", un "fraudeur", un "gourou", on a pu lire parfois "un mélange entre Goebbels et Raël" (sic), etc.), ils n'ont jamais hésité à rabâcher qu'aucune étude ne montre l'efficacité de HCQ+AZ (ce qui est faux), et se sont précipités sur toute étude condamnant l'utilisation de HCQ+AZ. Eux qui défendent la science et sa Méthode (seule et unique : les essais RCT) se sont révélés incapables de lire les études qu'ils brandissaient, grâce à la confiance aveugle qu'ils ont envers la publication scientifique, ou par pure envie de voir confirmer ce qu'ils pensent (sans pour autant hésiter à faire la leçon sur les biais de confirmation par ailleurs). Qu'ils aient été démentis par la rétractation de ces études manifestement et évidemment des arnaques, ne les fait pas sourciller : ils ne mettent pas le millième de l'énergie qu'ils ont déployé contre l'ennemi public n°1 Raoult pour enquêter sur ces publications frauduleuses, et clament que c'est le fonctionnement habituel voire normal de la science, ce qui les conforte contre "Raoult-l'anti-science". Quand le réel ne vient jamais remettre en question son schéma de pensée, on est plus proche de la religion que de la science...

Illustrons. Avant l'instauration du "suffrage universel", cela paraissait une monstruosité du point de vue religieux, qui considérait que c'est Dieu qui choisissait le Souverain, directement, en la personne du Roi. Mais finalement, ces mêmes religieux ont tout simplement pu décider que c'est Dieu qui glisse le bulletin dans l'urne, et qu'il choisit donc le Souverain : tout va pour le mieux. Quand tu peux tout tordre pour le faire rentrer dans ton petit carré, tu ne fais pas de la science, même si tu affirmes que le camp d'en face est "l'anti-science".

Je n'avais pas (et n'ai toujours pas, aujourd'hui) d'avis définitif sur l'efficacité ou la nocivité de HCQ+AZ. Je pensais (et pense toujours) qu'il fallait l'utiliser ; mon avis sur ce traitement pouvait être contredit. Il ne l'a pas été (pour le moment), et faisons le point :

1/ Résultats de l'IHU de Marseille sur près de 4000 patients + méta-analyse sur les différentes études menées dans le monde :

2/ Une compréhension des mécanismes d'action en synergie des deux molécules associées :

3/ Un intérêt en prophylaxie :

4/ Liste non exhaustive d'études montrant un bénéfice et/ou une absence de toxicité, toutes ayant des limites :

A contrario, les études qui montrent une absence de bénéfice voire une toxicité, ont systématiquement débouché sur une campagne de presse intensive pour déclarer à l'opinion publique que "HCQ ne marche pas" voire "HCQ est un poison", mais soulèvent des problèmes souvent très graves. Nous avons :
  • Mehra dans The Lancet : données inventées, étude rétractée
  • Mehra dans NEJM : idem
  • Boulware, NEJM : les patients ne sont même pas testés au COVID-19, ils ont simplement "un ou plusieurs symptômes compatibles"
  • Essai Recovery : ils ont administré 4 fois (???!!!) la dose (pourtant décriée comme toxique par les détracteurs de HCQ), avec une mortalité dans les deux groupes ahurissante, indiquant que le stade de la maladie était trop avancé pour qu'un effet antiviral soit possible
  • Diverses études montrent qu'il n'y a pas de bénéfice, mais avec un traitement proposé très tardivement, alors que depuis le début, il est expliqué que ce sont les propriétés anti-virales qui sont recherchées, et qu'il faut donc placer ce  traitement durant la phase virale, aussi précocément que possible... ces études n'ont donc pas vraiment de sens
  • Une étude sur des primates, dont je ne tire pour le moment aucune conclusion ne comprenant rien aux dosages utilisés : ils annoncent 90mg/kg le premier jour puis deux fois moins ensuite ; si on appliquait ce dosage à un humain de 75kg, on aurait 6750mg le premier jour soit plus de dix fois que ce qui est préconisé ; d'autres ont été traités avec des doses "basses" encore largement supérieures à celles préconisées. Par ailleurs, les effectifs sont extrêmement faibles, (des groupes de 4 ou 5 animaux) : heureusement pour les animaux, mais ne pas parvenir à montrer une différence significative avec de tels effectifs n'a rien de surprenant.
  • Etude de l'AP-HP qui montre une différence importante (21% de mortalité en moins avec HCQ), mais non significative après ajustements statistiques.


Conclusion - retour à l'alternative stratégique en temps de crise

Nous sommes donc le 18 juin, et comme il en était probable, aucun essai clinique qui trouverait grâce aux yeux des Méthodologistes n'a pu aboutir. Nous ne savons pas avec certitude si HCQ+AZ a pu sauver un nombre (quel nombre) de vies (le travail d'analyse des chiffres de mortalité va commencer). Peut-être que ce traitement n'était pas meilleur qu'un placebo (mais un effet placebo est déjà un effet). Nous verrons bien.

Mais nous savons avec certitude que l'alternative (la logique des grands essais et son corollaire = restez chez vous et prenez du doliprane), elle, n'a soigné absolument personne. Nous savons également (les Chinois avaient averti là aussi) que beaucoup d'asymptômatiques avaient en fait des lésions pulmonaires sérieuses et couraient donc le risque d'arriver trop tard à l'hôpital : il fallait les prendre en charge le plus tôt possible. Nous savons donc que la logique des grands essais a coûté des vies (combien?).

La prochaine fois, les mêmes vont recommencer. Que ce coronavirus revienne (?), ou que ce soit un autre, nous aurons les mêmes discours absurdes (un autre scientifique peut-être aussi reconnu dans sa spécialité sera qualifié de gourou de l'anti-science) et mensongers (un autre médicament se "révélera" subitement extrêmement toxique), les mêmes incantations (- il faut des certitudes "scientifiques" - mais il y en a pas, qu'est-ce qu'on fait? - il faut des certitudes). Et effectivement, si on ne peut ni dépister ni traiter les gens, il reste à enfermer tout le monde la peur au ventre : si c'est cela que peut faire la science occidentale au XXIe siècle...


La question politique

Alors, je conçois que Didier Raoult agace, pour certaines raisons très importantes, et d'autres à mon avis complètement dérisoires. 

Raisons dérisoires : 
  • je ne détaille pas, sans intérêt : elles sont liées à la personne de Didier Raoult, son égo, ce qu'il est, ce qu'il fait, ce qu'il pense, etc. On s'en fout.

Raisons importantes : 
  • la capitale de la science est en train de changer d'adresse
  • communication libérée des médias : ce sont des dinosaures. Qui a encore besoin du Monde ou de BFM TV pour s'informer? 
  • crise scientifique : 
    • on peut résumer sa critique des Méthodologistes de façon un peu caricaturale : les essais randomisés servent uniquement dans des pays de vieux qui n'ont plus rien à gagner en espérance de vie, et qui en sont réduits (de ce fait et de la course au gain de l'industrie pharmaceutique) à prouver de tous petits bénéfices pour remplacer un ancien médicament par un nouveau ; quand il y a un vrai bénéfice en terme de traitement, il se voit même avec de petits échantillons et au-delà d'un éventuel effet placebo.
    • la publication scientifique dézinguée : on va vers la généralisation du pré-print, études directement accessibles à la communauté scientifique qui peut relire, analyser, critiquer... il pointe cela et quelques semaines plus tard arrive le scandale du Lancet/NEJM

De mon point de vue, on est sur un épisode comparable au référendum de 2005. Tous les politiciens ou presque, tous les journaux ou presque, étaient pour le "OUI", et traitaient les autres de "populistes" et de "fascistes". Depuis, beaucoup de travail a été réalisé, et on a vu les "Gilets jaunes" réclamer un RIC, montrant une progression populaire des questions relatives à la Constitution, aux institutions, à la démocratie (véritable). La rupture est presque complète entre le peuple et la "démocratie représentative" qui n'a jamais été pensée comme une démocratie et ne l'a jamais été. La crise de la représentation et de la médiation est quasiment complète, et peut-être achevée par la crise scientifique dont nous avons eu le triste spectacle. Pourtant, la science est une question de citoyenneté également. Il y a une sortie par le haut à tout ce cirque, c'est la voie empruntée par Jacques Testart notamment, et son travail sur les sciences citoyennes.

Nous devrions tous et toutes réclamer une Conférence citoyenne tirée au sort pour travailler sur le bilan de crise épidémique, et formuler des propositions à faire voter par le peuple. Je ne vois pas d'autres solutions pour enrayer le délitement de la confiance (logique au vu des conflits d'intérêts consubstantiels à notre système politique). L'autre sortie serait un éternel renforcement des "élites" par les "élites" pour les "élites" : le fossé deviendra le grand Rift africain, et tout cela finira mal, comme à chaque fois que le peuple a voulu se mêler de ce qui le regardait (les "Républicains" lui tirent dessus). Où allons-nous? Nous y sommes déjà.



___

Je termine en rappelant ce ptit texte à contextualiser, il fera plaisir à nos amis prêtres scientistes. Le criminel des criminels est le scientiste.
___

Friedrich Nietzsche, texte de clôture de l’Antéchrist


Promulguée au jour du Salut, premier jour de l’An I (le 30 septembre 1888 du faux calendrier)

Guerre à outrance au vice : le vice est le christianisme

Article 1. Est vicieuse toute sorte de contre-nature. L’espèce d’homme la plus vicieuse est le prêtre : il enseigne la contre-nature. Contre le prêtre, on n’a pas de raisonnements, on a les travaux forcés.
Article 2. Toute participation à un service divin est un outrage fait aux bonnes moeurs. On sera plus dur envers les protestants qu’envers les catholiques, plus dur envers les protestants libéraux qu’envers ceux de stricte observance. Etre chrétien est d’autant plus criminel que l’on se rapproche le plus de la science. Le criminel des criminels est en conséquence le philosophe.
Article 3. Le lieu digne d’exécration où le christianisme a couvé ses oeufs de basilic sera rasé et cet endroit maudit de la terre inspirera l’horreur aux générations à venir. On y élèvera des serpents venimeux.
Article 4. Prêcher la chasteté est une incitation publique à la contre-nature. Mépriser la vie sexuelle, la souiller par la notion d’ « impureté », tel est le vrai péché contre l’esprit saint de la vie.
Article 5. Manger à la même table qu’un prêtre exclut ; on s’excommunie par là de la société honnête. Le prêtre est notre tchandala - il faut le mettre en quarantaine, l’affamer, le bannir dans les pires déserts.
Article 6. On donnera à l’Histoire « sainte » le nom qu’elle mérite : celui d’histoire maudite ; on emploiera les mots de « Dieu », « Messie », « Rédempteur », « Saint » comme des injures, et pour désigner les criminels.
Article 7. Tout le reste en découle.
L’Antéchrist.

jeudi 4 juin 2020

Ingénierie ornithologique

Petite sortie matinale, malgré la pluie, et donc plutôt sous abri. Belle surprise en arrivant avec une parmi la trentaine d'Aigrettes garzettes en conciliabule animé (est-ce une assemblée citoyenne tirée au sort pour tirer les enseignements de la grippe humaine qui a frappé l'espèce?), une parmi les Aigrettes, disais-je, qui a l'air bizarre. Son bec surtout, n'est pas vraiment catholique, et invite à la plus grande circonspection : qui a fabriqué une telle chose? 

Assemblée de garzettes, avec quelques intrus
Au top on encercle le bosquet!
C'est fini d'harceler les plus petits?
Et voici la Spatule blanche

Il s'agit donc d'une Spatule blanche, déjà observée par ici en 2015 et 2017, mais a priori pas depuis (jusqu'à ces derniers jours), donc assez rarement. Un oiseau cousin aussi bien des hérons, des flamands que des cigognes. La question qui se pose est donc : pourquoi un tel bec? Manifestement, elle passe son temps à se balader dans les eaux peu profondes, le bec donnant l'impression de balayer l'eau (mais l'eau revient sans cesse), certainement pour sonder et y capturer son repas (petits poissons, amphibiens, crustacés, etc.). A priori, et cela aurait été découvert récemment, ce bec, que dis-je ce bec, ce cap! cette péninsule! est capable de détecter les proies à distance, par sensibilité tactile (mouvements des proies dans l'eau). Or, comme il faut balayer l'eau pour pêcher ainsi en aveugle, la forme aplatie du bec permettrait aussi bien d'enserrer les proies que de diminuer la résistance de l'eau. 

En voilà toujours un qui s'est fait prendre
Spatule blanche

Admettons, mais on ne donnera pas forcément à Mme Spatule le Prix Nobel pour son invention, à moins bien entendu qu'elle ne publie sa découverte dans The Lancet, ce qui lui conférerait un prestige indispensable : se contenter de marcher le bec dans l'eau, ce n'est pas glorieux.

Exercice matinal
Vachement facile de se gratter le cou avec un si long bec
Une Spatule a le droit de se marrer

Bref, je l'observe tranquillement, elle se rapproche en même temps que la lumière s'améliore, un court instant, et puis range son bec hors de l'eau mais dans ses plumes. Pendant ce temps, je regarde le manège des garzettes, et des autres hérons : il y a du Héron cendré, du Héron pourpré, du Héron garde-boeufs, et puis deux Blongios nain au moins, et 4 Bihoreaux gris, au moins également. Ça fait du monde, et 2 Grandes Aigrettes arriveront en vol plus tard.  

Bihoreau gris en approche
Bihoreau gris ayant repéré quelque chose
Aigrette garzette en vol
- Rien au nord?
- Non, et au Sud?
- Rien non plus

Les Bihoreaux se montrent particulièrement coopératifs. Notamment un juvénile, qui vient se percher plusieurs fois sur les perchoirs du Martin-pêcheur. Il manque une fois de tomber, donnant une petite série de battements d'ailes, et puis il recrache une pelote de réjection, alors qu'il est interdit de cracher par terre. Quelques photos, juste à ma hauteur... ça tombe bien.

Jeune Bihoreau gris
Eh oui, l'eau ça mouille
Qu'est-ce qu'il nous fait?
Ah, d'accord, pelote de réjection
Décollage?


mercredi 27 mai 2020

Hermine vs Belette

Petit récapitulatif des critères pour distinguer une Hermine d'une Belette. On trouve souvent ce qu'on cherche, à savoir que ce qu'on ne cherche pas, on ne le trouve généralement pas. J'étais persuadé, lundi, d'observer une hermine. Ce n'est qu'en regardant les différences entre les deux individus, après publication de mon article, que je me suis rendu compte que l'une des deux était une belette. Dans mon esprit, on ne trouvait les Belettes qu'en plaine, et jamais au-delà de 1000m. D'ailleurs, on lit encore ça un peu partout, de même que le fait que les Belettes gardent le même pelage toute l'année.

Or, certaines belettes deviennent blanches elles aussi, mais toutes blanches, notamment dans le nord de l'Europe. Et, donc, on peut les retrouver en montagne. 

Voilà de quoi faire tomber quelques œillères. Je ferai plus attention la prochaine fois. Cela dit, il reste de toute façon bien difficile de les différencier sur le terrain. Tentons de synthétiser les critères :


dimanche 10 mai 2020

Merci messieurs, c'était très bien !

A la veille du déconfinement, et en attendant la 2e vague promise depuis-des-mois-mais-Soeur-Anne-ne-voit-jamais-rien-venir, quelques premiers éléments de bilan à propos de cette crise. D'abord, Comment allez-vous? Très bien, merci, comme vous voyez!...





Emergence de la maladie

Après l'apparition des premiers éléments (Chauve-souris => Pangolin => marchés de Wuhan) ont été émises des hypothèses impliquant le laboratoire P4 de Wuhan.
  • les connaissances sur l'origine du virus étaient alors très limitées, et pour cause, et il m'a semblé inutile de creuser de sujet, qui d'ailleurs peut donner des informations intéressantes après la crise pour limiter le risque que cela se reproduise, mais pour gérer la crise en question, je ne voyais pas bien... Donc : "Laissons avancer les choses, et on garde ce sujet pour après."
  • en revanche, la manière employée par les médias d'une part, et les scientifiques qui sont intervenus dans ce débat d'autre part, pour éliminer ces "élucubrations complotistes" m'a dérangé tout de suite. L'emploi du taser idéologique "théorie du complot" est l'une des dernières armes médiatiques contre les "réseaux sociaux" (c'est-à-dire les gens qui pensent et qui s'expriment, ce qui est "normalement" réservé au monde médiatique). Cette épidémie médiatique est certainement encore dans sa phase exponentielle, mais un jour elle s'effondrera d'elle-même.
  • Principe de base : plus une hypothèse avancée paraît "extraordinaire", plus c'est à la personne qui l'avance d'en fournir les preuves. 
  • Exemple : "Je pense qu'il y a une armée de Tigres du Bengale en orbite, armés jusqu'aux dents, et qui attend le bon moment pour envahir la Terre et nous tuer tous." Ce n'est pas à vous de démontrer que j'ai tort (et je déconseille fortement de se lancer dans pareille entreprise), c'est à moi de prouver que j'ai raison. Ce faisant : vous ne risquez pas d'être contredit par quelque chose que vous n'aviez pas prévu (dans ce cas, on est d'accord, c'est peu probable), vous laissez une place à l'esprit critique et à l'ouverture d'esprit, vous me faîtes travailler moi (soit j'abandonne et mon hypothèse dépérira d'elle-même, soit je persiste et alors je progresserai dans mon analyse de la situation). En revanche, si vous vous chargez de prouver l'impossible, avec des arguments plus ou moins convaincants comme "il est impossible que des tigres soient en orbite", vous n'êtes pas à l'abri qu'on déniche une photo en mauvaise lumière d'un Thomas Pesquet quelconque déguisé en tigre pour le carnaval, et qui pourrait alimenter mon hypothèse délirante. C'est entrer dans un jeu souvent inutile et absurde. Et entrer dans ce jeu semble pousser à l'utilisation d'arguments d'autorité, irrecevables, ou à jeter bébé avec l'eau du bain (théorie du complot = scepticisme = doute ; donc le doute est néfaste, la Science a raison, point). De mon point de vue, c'est très mauvais. 
  • Application à ce qui nous occupe : l'hypothèse d'une fuite, accidentelle ou non, d'un virus depuis le laboratoire de Wuhan est depuis le début plausible. Plausible ne veut pas dire probable, et encore moins certaine. La presse, en quelques semaines, est passée vis-à-vis de cette hypothèse de "élucubrations complotistes" à "il y a des problèmes avec les Chinois" puis à "hypothèse plausible". Sans qu'aucun élément nouveau ne soit apparu, si ce n'est les déclarations de l'administration américaine. C'est ridicule, et au vu de l'expérience (armes de destruction massive irakiennes pour ne prendre que cet exemple), j'aurai pour ma part plutôt tendance à faire le chemin inverse : d'hypothèse plausible, elle devient plus raisonnablement une manipulation grossière. Mais attendons que nos "amis" US apportent leurs preuves... En revanche, les scientifiques qui ont utilisé la cape de protection "La Science dit que c'est impossible" ont été imprudents, et ont travaillé avec ce genre de comportement contre le doute méthodologique, ce qui est catastrophique. 

Ensuite, il s'agira effectivement d'analyser ce qui s'est passé, et de le mettre en perspective avec ce qu'on sait déjà des enjeux liant santé (humaine et animale) et biodiversité. Voir sur ce sujet la lecture récente. Pour en tirer des informations capables d'orienter nos décisions politiques (ce qui n'a pas été fait jusque-là).

Enfin, la question de l'émergence de la maladie pourrait dire des choses des risques de retrouver notre ami qui nous veut du bien SARS-Cov2 à l'automne prochain. Certaines hypothèses jugent cela peu probable du fait que le réservoir est constitué d'animaux sauvages : les contacts sont moins fréquents qu'avec des animaux domestiques ; et le fait est que la transmission de parasites d'animaux sauvages à l'humain arrive mais est rare. D'autres hypothèses tablent sur son retour probable, mais je n'ai pas lu d'arguments pour étayer. A suivre...


La diffusion mondiale et la gravité du Covid-19


Sur la diffusion

Premièrement, je n'ai pas cru, pour avoir lu et écouté différents avis sur la question, à la diffusion mondiale de cette épidémie. On nous explique en effet qu'une épidémie est généralement liée à un écosystème, et que la plupart du temps, les cas importés dans d'autres écosystèmes ne provoquent pas de cas secondaires car le parasite ne trouve pas alors les conditions pour se développer. Et à l'appui de cette hypothèse, se rappelait à nous le souvenir d'un nombre assez important de crises mondiales annoncées et qui n'eurent pas lieu. En l'occurrence c'était une erreur, et manifestement les zones climatiques tempérées étaient toutes propices à une diffusion de cette épidémie. Peut-être même les conditions de développement n'étaient-elles pas optimales en Asie, mais bien plutôt en Europe ou aux Etats-Unis : c'est une hypothèse que je ne base sur rien d'autre qu'une intuition, et que je ne veux pas écarter pour le moment car elle pourrait atténuer la charge à mener contre le bilan stratégique en Europe et plus encore en France, et on verra que la charge va être violente. Il faut garder à portée de main les objections à ce qu'on pense.


Sur la gravité

Concernant la gravité de la maladie Covid-19, en revanche, tout se passe semble-t-il comme prévu : à savoir que les premières données sont terribles (on ne détecte rien, tous les cas semblent donc mortels), les modèles et "prédictions" sont catastrophistes. Souvenons-nous que pour la grippe aviaire en 2005, Neil Ferguson avait prédit jusqu'à 200 000 millions de morts, se trompant ainsi de 6 zéros! Cela ne l'a nullement empêché, malgré d'autres prédictions catastrophistes non vérifiées, de devenir pour le Covid-19 le "Monsieur confinement" (qu'il n'aurait pas respecté, ce qui l'oblige à démissionner). Il est très facile, en manipulant des modèles exponentiels, d'arriver à des chiffres démentiels. J'entends bien qu'il serait désastreux politiquement de minimiser un risque, et de devoir ensuite assumer un bilan bien plus lourd ; alors que partir de prédictions alarmantes et afficher un bilan moindre est plus agréable. Donc, dans notre configuration politique, les prédictions seront toujours pires que ce que à quoi on peut raisonnablement s'attendre. Mais, nous citoyens, ne devons pas céder à cette panique diffusée par rouleau-compresseur médiatique. La "prédiction" de Ferguson en 2005 était la suivante : la grippe dite espagnole en 1918 ayant fait 40 millions de morts, et la population mondiale ayant depuis été multipliée par presque 6, on peut s'attendre en 2005 avec la grippe aviaire à presque 200 millions de morts. Cette prédiction était gratinée pour ne pas dire complètement débile : la grande majorité des morts de la grippe espagnole sont décédés de surinfection bactérienne (en l'absence d'antibiotiques à l'époque) et le contexte au sortir de la guerre n'avait rien à voir avec celui en 2005.

Il n'est pas toujours évident de déconstruire ces discours, surtout qu'ils arrivent avec le vénérable habit scientifique. C'est un autre principe de base : ce n'est pas parce qu'une étude est scientifique qu'il faut en tirer une "vérité scientifique". Les connaissances scientifiques se construisent petit à petit, par amendements et réfutations des savoirs précédents, et émergence de nouveaux questionnements qui appelleront d'autres études, et ainsi de suite. C'est le contraire d'une Vérité révélée et immuable, or le caractère scientifique d'une étude sert beaucoup trop souvent d'argument d'autorité, se confondant parfois avec une sorte de religion scientiste.

Donc, les modèles prédictifs étaient faux, ce qui était prévisible, et on se retrouve avec une maladie d'une gravité apparemment comparable à celle de la grippe saisonnière. Le mot est lâché! Dans l'imaginaire collectif, il suffit de se moucher 2-3 fois et on a fait une "grippette"... C'est vraiment la maladie la moins grave du monde. Cette vision est très éloignée de la réalité, puisque l'OMS annonce jusqu'à 650 000 morts par an dans le monde de la grippe saisonnière, qui n'est pas du tout anodine. Covid-19 : 250 000 morts. Donc, pour le Covid-19, les estimations actuelles sont à 0,2-0,3% des infectés qui meurent. Quant à la contagiosité, elle semble finalement assez faible aussi puisque les estimations actuelles sont à 3% de la population des pays touchés. Conclusion : ces modèles prédictifs doivent nous alarmer (et pousser à la préparation politique), mais ne doivent pas être pris pour argent comptant ni susciter un affolement délirant.



Sur la mortalité

Les chiffres ne parlent pas tout seuls. Les chiffres doivent toujours être mis en perspective. Sinon, on peut leur faire dire tout et son contraire. Il est très facile de brandir un chiffre brut et d'en conclure n'importe quoi. De mon point de vue, il sera très important d'avoir un bilan aussi précis que possible, afin de pouvoir évaluer la mortalité due au virus, et la distinguer de celle due à la stratégie adoptée pour y faire face.

Les décodeurs du Monde, par exemple, font une analyse à prendre avec de belles pincettes. Leur idée est de prendre le nombre de morts sur la période 2000 - 2020, et de constater que la mortalité est 31% plus forte sur la période qui les intéresse (1er mars - 17 avril) en 2020 que la moyenne 2000-2019. Ce qui n'apporte pas grand-chose, et je vois déjà 5 objections importantes à une telle présentation des choses :
  1. un important facteur de mortalité est la grippe saisonnière, d'une ampleur très variable selon les années, et qui frappe à des dates différentes également. Ainsi, regardez les courbes 2015, 2017, 2018, qui affichent des pics plus tôt dans l'hiver qu'en 2020. Limiter la recherche à la période impliquant le Covid-19 pose donc problème, d'autant plus que le profil des victimes est sensiblement le même que celui de la grippe saisonnière : si la grippe saisonnière avait été aussi forte que d'autres années en 2020 en janvier ou février, on aurait un pic préalable et donc un pic "Covid-19" plus faible. Il est donc pertinent de comparer la mortalité sur toute la période "hivernale", celle-ci devant s'étendre au mois de mai puisque le Covid-19 a frappé plus tard. On aura toutes les données plus tard
  2. ils admettent une limite à leur travail : la population augmente, il est donc logique que d'une année sur l'autre, le nombre de décès augmente. Les courbes auraient donc plus de sens en nombre de morts par 1000 habitants. Entre 2007 et 2018, la population a augmenté en moyenne de 0,46% par an. Sur une période 2000-2020, ce n'est pas négligeable
  3. ils oublient un facteur encore plus important : d'après l'INED, le nombre de décès, depuis le début des années 2000, est en augmentation, et cela devrait durer jusqu'aux années 2060. C'est le fait notamment de la "disparition" des classes "creuses", et de l'arrivée progressive des classes "baby boom" à des âges de plus fortes probabilité de mortalité. Toujours sur la période 2007-2018, le nombre de décès a augmenté en moyenne de 1,26% par an. C'est-à-dire que le nombre de décès augmente 2,76 fois plus vite que la population. Là encore, si on considère la période 2000-2020, ce n'est pas négligeable du tout. Il faut tenir compte de l'augmentation prévisible de la mortalité d'une année sur l'autre.
  4. prendre les données de mortalité générale est pertinent pour se débarrasser de la (grande) incertitude sur la mortalité estampillée Covid-19 (aussi bien ceux comptés en trop que ceux pas comptés), mais il ne faut pas amalgamer la mortalité due au virus et la mortalité liée au confinement. Or, si le confinement a eu des effets de diminution de mortalité (accidents de la route, pollution, ...), il en a aussi nécessairement eus d'augmentation de mortalité (dépressions, difficulté d'accès aux soins, voire augmentation de la transmission de virus au sein des familles ou zones très densément peuplées, ...). 
  5. par ailleurs, il ne faut pas rendre le virus responsable d'une mauvaise stratégie politique. Les facteurs climatiques et démographiques sont exclus pour expliquer une différence entre l'Allemagne et la France. Or, l'Allemagne compte 5,5 fois moins de morts par million d'habitants que la France. Le virus ne saurait en être responsable, mais bien plutôt le manque de tests, de masques, de capacités hospitalières, etc. L'Allemagne étant un pays plus dense et plus âgé que la France, les mêmes causes (SARS-Cov-2) devaient provoquer les mêmes effets : le surplus est du à nos choix politiques.
En tenant compte de ces facteurs correctifs, avec les chiffres INSEE, cela donne du 1er janvier au 31 mars 2020 environ 4000 morts de plus qu'attendus soit 2,4% de plus que prévu. Il est évident que le surplus aura lieu surtout au mois d'avril, mais les données sont encore incomplètes et s'arrêtent au 20 avril. On verra le travail d'affectation une fois les données plus complètes disponibles. Mais il faudra bien faire ce travail, puisque politiquement, ils vont tout tirer dans le sens de la catastrophe naturelle face à laquelle on ne pouvait rien faire, sauf ce qui a été fait (confinement) et qui aurait permis de sauver 60 000 personnes (on y reviendra). Il s'agira de ne pas se laisser raconter des fables.


La gestion de la crise


Timothée Vergne présente deux grandes options qui peuvent être retenues pour faire face à une épidémie de ce type : une stratégie d'atténuation, et une stratégie de suppression (faire cesser l'épidémie en ramenant le R0 en-dessous de 1). En pratique, cela a donné 3 options différentes, avec une multitude de façon et performances pour mettre en place ces stratégies :
  1. Stratégie d'atténuation = laisser se diffuser le virus, mais de manière contrôlée et en en protégeant autant que possible les personnes vulnérables (identifiées assez vite). L'objectif est d'une part de pouvoir faire face en matière de soins, et d'autre part de permettre une immunité collective à 60% de la population atteinte, et avoir ainsi éradiquer le risque épidémique à long terme. Choix des Pays-Bas (à ce jour 297 morts / million d'habitants). 
  2. Stratégie de suppression 1 = confinement de toute la population. Adoptée très vite par la Chine (à ce jour 3 morts / million d'habitants), mais beaucoup plus tardivement par des pays comme l'Italie, l'Espagne, la France (pays entre 386 et 543 morts / million d'habitants)
  3. Stratégie de suppression 2 = dépistage massif et au plus vite des individus infectés dans les zones à risque + mise en quarantaine, sans confinement de toute la population. Adoptée par la Corée du Sud (5 morts / million d'habitants)
L'atténuation est donc supposée favoriser une immunité collective. Dans la mesure où les personnes à risques sont bien identifiées (c'était le cas très tôt) et où le pays a les moyens de les protéger (sur ce point, en tout cas en France, il était clair que non), cette option parait raisonnable. Mais je vois au moins deux incertitudes majeures :
  • on ne sait pas vraiment (aujourd'hui le 8 mai) si les infectés sont immunisés, le pari est donc risqué
  • on ne sait pas si le virus sera à nouveau présent la ou les saisons prochaines, le pari n'aura donc peut-être servi à rien
Alors, mieux valait la stratégie de suppression? Les pays engagés clairement et tôt dans ces stratégies ont de meilleurs résultats. Mais dans l'hypothèse où le virus revient, il faudra à nouveau mettre en œuvre une stratégie extrêmement coûteuse socialement et économiquement, ce qui finirait par être suicidaire. Sauf si un vaccin arrive, mais comme on n'est déjà pas certains d'être immunisés après infection, le pari d'un vaccin semble assez osé pour le moment. La plupart des épidémies se comportent apparemment de la même façon, font une courbe en cloche et disparaissent, car saisonnières, en dépit de toute notion d'immunité collective d'ailleurs. Mais, peut-être que dans 1 an, on dira que les Pays-Bas ont eu raison, parce que l'hiver 2021 aura été pire que le 2020.

Finalement, on en arrive à la conclusion qu'on ne sait pas quelle sera la meilleure réponse avant de l'apporter. On peut toutefois cerner le débat : le plus probable reste qu'une épidémie se comporte comme la plupart des précédentes. D'autre part, on peut mesurer les capacités à y faire face.

Par exemple, la Corée du Sud a démontré ses capacités à faire face, en sachant notamment dépister très tôt les infectés, et détecter au plus vite les zones à risque. La Chine également, a su mettre en place son option très rapidement, rendant le confinement efficace.


Alors, confinés pour rien?

Le gouvernement s'est appuyé sur une étude de l'EHESP pour estimer que le confinement aurait sauvé 60 000 personnes. Encore une fois, ne pas prendre pour "vérité scientifique" une étude scientifique. Un article analyse deux études qui vont à l'encontre de celle de l'EHESP. Ce travail donne des arguments à ceux qui défendaient la position qu'il ne fallait pas confiner toute la population, et notamment donc celle de Didier Raoult que j'ai relayée car elle me paraissait pertinente. La Chine n'a pas eu d'autre choix que de confiner toute la province, mais après la Chine, nous avions un coup d'avance et pouvions procéder autrement. La Corée du Sud l'a fait, notamment. En France, Olivier Véran lui-même expliquait avant le confinement que... c'est le confinement qui favorise la transmission du virus. Hypothèse pas absurde du tout, en réponse à la saisonnalité des épidémies qui n'est pas vraiment comprise par les spécialistes et qui ne semble pas complètement liée à la chaleur, ni aux rayonnements UV, mais peut-être aussi et surtout à la saisonnalité de nos comportements : avec l'arrivée des beaux jours, nous ouvrons les fenêtres, nous passons plus de temps à l'extérieur, et sommes donc soumis à des parasites en bien plus faible concentration que dans un air "confiné". Le confinement augmente donc certainement la probabilité de transmission, et pour qu'il ait un effet, il faut qu'il diminue d'un facteur plus important le nombre d'interactions individuelles. C'est loin d'être certain.

Bon. Un argument qui va à mon avis dans le sens d'une faible utilité du confinement : c'est la forme de la courbe épidémique en France.
Source : https://ddi.sutd.edu.sg/

Le confinement ayant débuté mi-mars, ne peut donc pas avoir eu d'effet sur la phase croissante de l'épidémie. On devrait donc avoir une courbe asymétrique avec une décrue plus lente que ne l'a été la croissance : plus la décrue est lente, plus cela veut dire qu'on a abaissé le pic et aplati la courbe. Or, la courbe française est quasi-symétrique, si on lisse les effets de prise en compte statistique des cas et épouse quasiment parfaitement la courbe attendue en rouge. D'ailleurs, vient justement corroborer cette hypothèse la mise en place tardive du confinement : il est bien évident que plus tôt il est mis en place, plus il aura d'effet.

Autre hypothèse, qui me vient en comparant avec la courbe de Grande-Bretagne, bien plus asymétrique, et/ou aplatie (il est peut-être un peu tôt pour le dire) : les mesures prises ont peut-être été plus progressives en France (plus importantes au début qu'en UK, elles auraient joué un rôle préalable au confinement), alors que la Grande-Bretagne ayant brusquement changé d'avis pour un confinement, celui-ci aurait apporté plus de contraste avec les mesures mises en place précédemment et donc eu un rôle plus important. Dans ce cas, plus que le confinement, ce seraient les mesures dites "barrière" et les distanciations individuelles qui ont joué un rôle important pour aplatir la courbe.

Source : https://ddi.sutd.edu.sg/

Par-dessus le marché, on commence à mieux cerner la diffusion de ce virus. La diffusion commence par des "clusters" avant de se poursuivre de lieu clos en lieu clos : appartements, métro, hôpitaux, etc. Nous revenons donc à cette idée selon laquelle le confinement favorise la transmission du virus.

C'est pourquoi, dès le début de l'épidémie, on nous alertait sur le fait qu'un confinement global de la population était une solution dépassée, pratiquée au moyen-âge mais pas adaptée aux connaissances et moyens technologiques du XXIe siècle. Le plus insistant en ce sens était, encore lui, Didier Raoult. Cependant, constatant que les moyens manquaient pour tester, protéger les personnes vulnérables, et traiter les malades (destruction de l'hôpital public de longue date, incapacité à adopter un traitement dans les délais exigés par la situation), je me suis rangé à cette idée de confinement, parce que, contrairement à la grippe, aucune barrière immunitaire ne pouvait arrêter ce nouveau virus risquant donc de toucher beaucoup plus de personnes. Malheureusement, rien ne semble indiquer à ce stade que le confinement a été efficace :
  • pas la mortalité par million d'habitants, qui ne semble rien montrer en faveur des pays européens confinés par rapport aux pays européens non confinés
  • pas la durée de l'épidémie : je ne vois pas non plus de différence, alors qu'on aurait pu s'attendre à ce qu'un confinement allonge, d'autant plus sensiblement qu'il aurait réduit le pic, cette durée (conséquence logique d'un aplatissement attendu de la courbe)
En revanche, des arguments viennent appuyer l'hypothèse d'une non-efficacité du confinement :
  • d'abord, il y a confinement et confinement : à la chinoise avec tests, masques, livraison des repas, fermeture des transports publics, etc. ; et à la française sans masques dans le métro, sans tests, etc. Un "confinement" qui empêche les gens d'aller en forêt mais laisse ouvert les lieux de propagation du virus sans protection, vous admettrez qu'on aura du mal à imaginer qu'il puisse être efficace...
  • ensuite la date de mise en place du confinement. Elle intervient au 17 mars après-midi, et les données indiquent en général 5-14 jours avant apparition des symptômes puis 17-19 jours entre l'apparition des symptômes et le décès. Les premiers effets du confinement français ne peuvent donc pas se montrer avant, au moins, le 11 avril : à cette date, 54% des décès enregistrés par Santé Publique France au 9 mai avaient déjà eu lieu ; et nous attaquions la phase de décroissance de l'épidémie :


Moralité? Je ne croyais pas à la pertinence d'un confinement avant ; j'ai cru, un peu, à son efficacité pendant ; ça me semble une pure fantaisie maintenant. J'espère que tout cela ne sera pas vérifié, et que nous n'aurons pas subi ce confinement pour rien, voire pire. Neil Ferguson estimait que sans confinement, la Grande-Bretagne connaîtrait 250 000 morts de plus. Rien que ça! Quand on voit que c'est à l'heure actuelle pas loin du bilan mondial, on se dit que c'est complètement farfelu, une fois de plus. On fera les comptes à la fin.

L'option coréenne demandait l'usage des technologies pour "tracer" les personnes potentiellement infectées. N'étant pas, loin s'en faut, un fan de Big brother, je comprends bien les craintes que cela soulève en termes de libertés individuelles. Toutefois, ces données sont d'ores et déjà accessibles, ce combat-là est perdu, et Google et Facebook nous suivent déjà à la trace. Ces techniques de géolocalisation ont des utilités concrètes, la vraie question est qui accède à ces données et comment elles sont gérées : la vraie question est démocratique (on y reviendra). Par ailleurs, le confinement a été une perte de liberté individuelle pour la moitié de l'humanité, et ça doit être également interrogé sous cet angle, en plus de celui de son efficacité...


La place de la science


Le conseil scientifique

Le pouvoir a constitué un conseil scientifique, puis deux conseils scientifiques à l'occasion de cette crise, dans un mouvement qui semblait assez logique et évident, « pour éclairer la décision publique dans la gestion de la situation sanitaire liée au coronavirus ». De mauvais esprits sont allés chercher les conflits d'intérêts de certains des membres de ce conseil, je l'ai déjà évoqué, c'est un problème assez grave. De plus, certains se sont interrogés sur les bases légales d'une telle mise en place, ainsi que sur les risques d'un capharnaüm entre Santé publique France, la Haute Autorité de Santé, le Haut Conseil de la Santé Publique, et donc les deux conseils en question. Il est vrai qu'on n'y comprend rien, et certains noms sont d'ailleurs dans les deux conseils, qui travaillent ensemble. Comprends pas. Si quelqu'un peut nous expliquer?...


Deux autres interrogations quant à moi :
  1. s'il est logique, pour le pouvoir, d'aller chercher des expertises sur lesquelles fonder ses décisions, l'organisation du pouvoir en "démocratie représentative" place de fait un tel Conseil scientifique dans une situation fort inconfortable bien connue sous l'appellation "le cul entre deux chaises". Car il est évident que le pouvoir doit se justifier, d'autant plus qu'il est déjà délégitimé, dans l'optique de se faire réélire, et même de ne pas se faire dégager avant la fin, un contexte de crise sanitaire comme celui-ci mal géré étant assez explosif. Le pouvoir ne cherche donc pas tant à éclairer sa décision (il sait déjà où sont les experts pour cela), qu'à se servir de cet outil pour faire passer le message suivant au peuple : "Nous faisons ce que la Science nous dit de faire". Dès lors, le Conseil scientifique est instrumentalisé et de facto politisé. Prenons la question des tests : le Conseil peut conclure qu'en l'état actuel des connaissances, la meilleure chose à faire est un dépistage massif et aléatoire de la population ; si le pouvoir est incapable ou ne veut pas en assurer la logistique, que se passe-t-il ? Le Conseil va se retrouver à valider une option politique basée sur la pénurie, et non pas sur l'état des connaissances, option qui paraîtra pourtant validée par la Science. Et c'est ainsi que nous avons pu voir son pauvre Président M. Delfraissy aller devant les médias répondre au sujet des masques, à tenter de s'en sortir comme il pouvait. Pour le pouvoir, c'est certainement très utile. Pour l'image de la science dans le pays, c'est une catastrophe.
  2. par ailleurs, la composition de ce conseil me laisse perplexe... Il est logique qu'il soit dominé par les spécialités directement impliquées par la question centrale des maladies infectieuses. Il est très bon qu'il comprenne une anthropologue et un sociologue, et spécialisé-e dans les questions de santé. Mais il y a selon moi beaucoup de manques, dont il eut fallu qu'au moins certains soient comblés, surtout si c'était pour faire 2 conseils scientifiques :
    • les sciences, toutes les sciences, dites humaines avaient de mon point de vue aussi à apporter, en dehors des question de santé,
    • des personnes impliquées dans la crise, mais apparemment non jugées comme "scientifiques", voire absolument pas des scientifiques : infirmier-e-s, urgentistes, personnels administratifs dans les hôpitaux, etc.,
    • une représentation de l'histoire des sciences, de l'épistémologie (un peu de recul ne fait jamais de mal)
    • des citoyen-ne-s lambda comme vous et moi
    • une représentation également de la médiation scientifique
En bref, si j'admets l'objectif d'éclairer la décision publique, on ne peut pas penser "publique" sans penser "citoyen-ne-s" (du moins en théorie, en "démocratie"). En bref, il y avait un besoin de médiation scientifique, criant, qui s'est révélé par "les millions d'épidémiologistes sur twitter". Car, au lieu de répondre à ce besoin, les "élites" ont préféré railler cette prétention de la populace à se mêler de... ce qui la regarde, à savoir les décisions qui seront prises à propos de sa santé et de ses libertés.

Ce besoin de médiation, les médias évidemment ne l'ont nullement joué. Champions toutes-catégories des pseudo-vérités scientifiques balancées sans aucune mise en perspective, ils n'ont quasiment diffusé que de l'angoisse. Comparer, mettre en perspective, tester, comprendre, ne pas comprendre aussi et se poser des questions : ça peut permettre de remettre les choses à leur place. Cet effort a parfois été mené, pour être honnête (j'ai vu passer quelques éditos de Patrick Cohen, que je n'apprécie nullement par ailleurs, tout à fait factuels et ne jouant pas à faire peur).

Nombre de scientifiques étant intervenus dans le débat ne l'ont pas fait non plus, se contentant de sauts de cabris sur l'affaire chloroquine. Mais, parfois, on a eu des tentatives, comme ceux qui ont rendu disponibles des simulateurs SIR pour comprendre l'impact de certaines décisions sur le bilan humain attendu d'une épidémie ; d'autres ont fait un travail similaire sur la difficulté d'avoir de bons tests de dépistage, etc.Tout ceci est resté assez marginal, alors qu'il aurait permis de faire monter le niveau de compréhension de tout le monde.

Alors qu'au contraire, l'image renvoyée par cette épisode est souvent un entre-soi élitiste qui valide les options politiques des personnes qui les ont nommé-e-s. La défiance envers la science et les scientifiques n'en sortira que grandie ; et si le retour de bâton me semble mérité, nous y perdons tous quelque chose à l'arrivée.

Enfin, et cela c'est Didier Raoult qui le souligne de manière un tantinet taquine, si le Conseil scientifique a pour but d'aboutir à un consensus, et politiquement il ne saurait en être autrement, "c'est Pétain". Personnellement, je ne l'aurais pas formulé ainsi, mais c'est évident. Il y avait besoin de science, or la science ce n'est pas le consensus, c'est le contraire, c'est précisément la contradiction. Il ne faut pas qu'un type arrive avec une bonne idée derrière laquelle tout le monde se range, il faut des gens qui disent : "Dis donc, c'est bien gentil, mais si on tient compte de ce facteur, on aurait plutôt ce résultat". Toutefois, nos sociétés sont bien loin de pouvoir supporter une telle dose de doute méthodologique (et sans doute beaucoup de scientifiques les premiers), et c'est impensable en situation de "démocratie électorale".


La controverse Méthodologistes vs. Epistémologistes

Alors justement, le doute méthodologique. Pour faire vite, ayant déjà abordé ce sujet précédemment, en ayant volontairement étiré les positions pour en montrer les antagonismes. Je vais faire le contraire aujourd'hui en montrant que l'opposition n'est pas aussi tranchée qu'il n'y parait. Pour faire simple, Raoult a été traité de gourou, et ceux qui ont partagé ses prises de position des adeptes, faisant de cet ensemble une sorte de secte anti-science, qui voudrait "abandonner les méthodes scientifiques". C'est ce qui nous est reproché quotidiennement, par des gens que j'aime assez à qualifier de prêtres de la religion scientiste. Après quoi, on ne peut plus faire plus tranché!

Or, personne parmi les "Epistémologistes" ne réclame "d'abandonner les méthodes scientifiques", ou "la science", ni même les études randomisées en double aveugle. Nous disons simplement que :
  1. les méthodes même randomisées en double aveugle ne sont pas une garantie de vérité scientifique
  2. que dans une situation de crise qui, selon toute vraisemblance, va durer quelques mois au maximum, il est aberrant de s'en remettre à des méthodes dont les résultats se feront attendre plusieurs mois
Nous demandons donc simplement que, face une crise, dont les modèles nous prédisent un nombre conséquent de morts (le risque est élevé), les médecins puissent traiter en testant si besoin des médicaments dont il est légitime de soupçonner qu'ils puissent présenter un bénéfice. On nous répond qu'il est "déviant" que les médecins, non producteurs de savoir pharmacologique, traitent leurs patients hors protocole. L'argument venant appuyer cette position est qu'une bouée peut s'avérer un parpaing, et qu'il faut donc attendre d'être sûr que la bouée en est bien une avant de la donner. La première partie de l'argumentation est tout à fait juste, et nous l'avons vu avec l'aspirine, dont on nous a très vite informés qu'elle était un "facteur aggravant" et qu'il fallait la laisser au placard. Pourtant, aucune étude randomisée en double aveugle n'a été menée (1 bras Aspirine vs. covid-19 et 1 bras Placebo vs. covid-19) pour démontrer cela selon les critères réclamés par les Méthodologistes! Mais nous avons tous rangé l'aspirine et c'est logique. Face à un virus nouveau, tout médicament peut s'avérer en réalité un parpaing. Avec ce raisonnement : il ne fallait rien donner à aucun patient avant d'avoir les résultats d'une étude randomisée en double aveugle. Cette position est absolument intenable dans un contexte de 250 000 morts dans le monde et de panique générale suscité par cette épidémie, doublée d'effets collatéraux de confinements désastreux.

Parlons justement des études randomisées en double aveugle :
  • Etude Discovery : nous devions avoir les résultats mi-avril, puis mi-mai, et on apprend désormais qu'en plus de l'incapacité de Gilead à fournir le Remdesivir (un des 4 bras de l'étude), cette étude s'avère un véritable fiasco de coopération européenne et qu'il y a moins d'1/4 des patients prévus qui suivent l'essai, 1 seul patient hors de France. 
  • L'AP-HP a mené une étude sur le Tocilizumab, et voyant des résultats positifs, a communiqué dans la presse en ce sens pour que le médicament soit utilisé. Depuis, le comité de validation semble faire des misères à l'AP-HP, et on est bien loin d'une publication des résultats apparemment
On voit bien que ce protocole n'est pas du tout adapté à la situation. L'argument selon lequel il était si facile de faire mieux que Raoult dans les mêmes délais ne tient plus : ses études comportaient des failles, mais aucune équipe au monde n'a été capable au 7 mai, par une étude conforme aux critères des méthodologistes, de prouver l'efficacité ou l'inefficacité d'un traitement. Ca ne prouve pas que c'était impossible, mais qu'il était raisonnable de penser qu'on n'y arriverait pas. La seule utilité que ce genre d'étude peut avoir, c'est en cas de retour du virus à l'automne, nous aurons alors des études à plus forte valeur probatoire, et tout le monde sera content. Mais il y avait une question à traiter avant, et il fallait le faire autrement. Les études rétrospectives sont bien plus adaptées à une situation de crise aiguë : on traite, et on regarde ce que les différents traitements ont donné comme résultats. Et bien sûr, on reste prudent et au moindre bout de parpaing, on suspend.

C'est ce qu'a fait l'IHU de Marseille. C'est la stratégie également au Sénégal, où les données (non validées) transmises permettent de dire que le traitement HCQ+AZ a permis de faire passer la durée d'hospitalisation de 13 à 9 jours : tout cela reste sujet à caution, mais reportons ces moyennes au nombre d'hospitalisés en France, et le traitement aurait alors permis d'économiser quelques 400 000 jours d'hospitalisation. Nous savons que la "tension" des services hospitaliers est un facteur-clé pour gérer cette crise et éviter une surmortalité importante, c'était là un enjeu de taille, qui valait la peine d'être tenté au vu des recommandations chinoises déjà disponibles début février.

Les études observationnelles arrivent depuis début mai, notamment une chinoise indique une plus faible mortalité dans des cas sévères traités avec HCQ, et aujourd'hui une espagnole qui montre une plus faible mortalité, notamment pour des cas légers traités précocement avec HCQ. Deux études conformes avec les déclarations de Raoult sur une première analyse (non encore publiée à ma connaissance) des plus de 3000 personnes traitées, où il avance un intérêt de HCQ+AZ en début d'infection, puis plus tard contre "l'orage de cytokine". D'autres études montrent parfois moins voire pas d'effet, mais aucune n'a montré d'effet négatif.


La fin de l'affaire chloroquine?

Nous voyons donc arriver la fin de l'affaire chloroquine. Nulle part n'est constaté de mortalité pour problèmes cardiaques, aucun effet délétère sur le virus n'est relevé, les résultats publiés sont relatifs mais probants. Mais, ce qui m'a poussé à qualifier certains "Méthodologistes" de prêtres de la religion scientiste, c'est leur capacité, durant toute cette crise à s'acharner par des articles quotidiens, et parfois plusieurs par jour, contre Didier Raoult, comme si c'était le problème numéro un du moment ; puis, au fur et à mesure que le faisceau d'indices en faveur de son traitement grossissait des faits rapportés, cette négation du réel, des faits et des données, pour continuer à combattre ce traitement promu par un "champion de l'anti-science", un propagateur de "fake news" et de "théories du complot" et j'en passe, est devenue insupportable. Autant de mauvaise foi, de contorsion du réel, ne peut que rappeler les esprits dogmatiques et tartuffes. Si on avait vu arriver les problèmes avec le traitement HCQ+AZ, j'aurais immédiatement pensé qu'il fallait arrêter, sans pour autant renier ma position qui était qu'il fallait tenter. De même pour le Remdesivir : il me semblait opportun de tenter, mais en voyant que le premier patient traité avec était mort, et que le Remdesivir était connu pour sa toxicité, cela a de quoi freiner les ardeurs, freinées de toute façon par l'indisponibilité de ce médicament. C'est un autre principe de base : on a le droit de faire des erreurs en choisissant une option, mais il faut et il suffit en quelque sorte de tenir compte du réel pour pouvoir se corriger.

Quelques mots sur le rapport risque/bénéfice. Là encore, j'en suis bien désolé, mais l'épistémologie, l'histoire des sciences, les sciences humaines, apportent quelque chose, et c'est à mon avis en cela que Raoult est intéressant, plus que par la trouvaille d'un traitement potentiel. Nos sociétés européennes sont vieillissantes, et n'ont plus beaucoup de gains à entrevoir en termes d'espérance de vie. Dans ce contexte, il n'y a plus grand chose à attendre de nouvelles molécules : avant d'en mettre une sur le marché, il est donc indispensable d'être sûr que les risques qu'elle fait encourir sont minimes, parce que les gains eux aussi le sont. Dans des sociétés passées, ou actuelles dans d'autres régions du monde, où l'espérance peut encore progresser dans de grandes proportions, les bénéfices potentiels d'une nouvelle molécule sont bien plus importants, et en contrepartie, un risque d'effets secondaires bien plus grand peut être toléré. Nous avons là, très certainement, l'un des facteurs expliquant la différence de mortalité entre l'Asie et l'Occident. Je dis bien : l'un des facteurs, car c'est multifactoriel.

Or, si en temps normal, nous en sommes là en Occident (et quelque part, on peut s'en féliciter, par les progrès de l'hygiène et de la recherche scientifique), en temps de crise épidémique aiguë, les choses se renversent : tout d'un coup, les bénéfices attendus étant plus grands, et il doit devenir possible de tolérer un risque également un peu plus grand. Ou alors, accepter de sacrifier des vieux... Personnellement, je préfère la première option.


Conclusion : de même qu'en 2005, le débat sur le référendum européen avait révélé une attente de démocratie et une réflexion plus poussée sur les institutions, méprisée par les "élites", cette crise a révélé également une une attente de notre part à toutes et tous de plus de compréhension des enjeux scientifiques et médicaux, également méprisée par les mêmes "élites". A force de manquer les occasions, les larrons finiront par les provoquer eux-mêmes.

Il est évident que chacun analyse ce qui se passe en fonction de sa grille de lecture. La mienne est bien celle que nous ne sommes pas en démocratie, que celle-ci passerait par des institutions toutes autres (voir exemple en image), et qu'en politique comme en sciences, les citoyen-ne-s sont capables, compétent-e-s, qualifié-e-s, pour se poser les questions, et faire appel aux connaissances disponibles pour se forger une opinion. 



Symétriquement, les "élites", experts, et ceux qui défendent cette organisation vont sortir de cette crise en disant qu'il y a besoin de plus d'expertise descendante. La différence, entre eux qui réclament d'aller toujours plus loin dans ce qu'ils font, et nous qui réclamons de changer d'organisation des choses, c'est que leur stratégie est à l’œuvre, et nous en voyons les effets, désastreux. Si les conséquences négatives de nos propositions sont invisibles (ce qui rend notre position plus facile), les leurs visibles (ce qui rend leur entêtement toujours plus absurde). 









Et en résumé, message au gouvernement : "Merci messieurs, c'était très bien, c'était TRÈS BIEN!"